เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

การรวม Peak

ก่อนที่จะสำรวจวิธีการ annotate peak calls ลองมาดูวิธีสร้างชุด peak ที่รวมข้อมูลจากทุกตัวอย่างก่อน แพ็กเกจ ChIPpeakAnno มีฟังก์ชัน findOverlapsOfPeaks() สำหรับจุดประสงค์นี้โดยเฉพาะ ซึ่งช่วยให้รวมชุด peak ที่แทนด้วย GenomicRanges จากตัวอย่างได้สูงสุด 5 ตัวอย่าง

ก่อนจะใช้ฟังก์ชันนี้ได้ ต้องดึงข้อมูล peak calls ออกจากออบเจกต์ ChIPQCexperiment ที่สร้างไว้ก่อนหน้านี้ก่อน โดยดึงตำแหน่ง peak ได้ผ่านฟังก์ชัน peaks() ซึ่งจะคืนค่า peak calls ของ ทุก ตัวอย่าง รวมถึงตัวอย่างที่ไม่ผ่าน QC ด้วย เวกเตอร์ที่เก็บ index ของตัวอย่างที่ผ่านการคัดเลือกในขั้นตอน QC มีอยู่แล้วในตัวแปร qc_pass

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

ChIP-seq with Bioconductor in R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

  • ดึง peak จากออบเจกต์ ChIPQCexperiment
  • ลบตัวอย่างทั้งหมดที่ไม่ผ่าน QC ออก
  • หาส่วนที่ทับซ้อนกันระหว่างชุด peak โดยใช้ฟังก์ชัน findOverlapsOfPeaks()
  • ตรวจสอบชุด peak ที่รวมแล้วซึ่งเก็บอยู่ใน entry ชื่อ mergedPeaks

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Extract peaks from ChIPQCexperiment object
peak_calls <- ___(ar_calls)

# Only keep samples that passed QC
peak_passed <- ___[qc_pass]

# Find overlaps between peak sets
peaks_combined <- ___(peak_passed[[1]], peak_passed[[2]], peak_passed[[3]], peak_passed[[4]], maxgap=50)

# Examine merged peak set
print(___)
แก้ไขและรันโค้ด