ค้นหาธีมที่มีร่วมกัน
แพ็กเกจ chipenrich มีฟังก์ชัน chipenrich() สำหรับระบุกลุ่มยีนที่มีความเชื่อมโยงกับ ChIP-seq peaks บ่อยกว่าที่คาดได้จากความบังเอิญ สิ่งสำคัญคือต้องกำหนดก่อนว่าจะจัดกลุ่มยีนอย่างไร ในแบบฝึกหัดนี้ จะใช้ Hallmark genesets ที่กำหนดขึ้นโดย Broad Institute
โดยทั่วไป ควรจำกัดการวิเคราะห์เฉพาะ peaks ที่มี differential binding เพื่อเน้นให้เห็นกระบวนการระดับโมเลกุลที่แยกแยะสองกลุ่มตัวอย่างออกจากกัน อย่างไรก็ตาม เนื่องจากขนาดตัวอย่างในชุดข้อมูลนี้มีขนาดเล็ก จึงจะดู peaks ที่มีสัญญาณแรงกว่าในกลุ่มตัวอย่างเนื้องอกที่ดื้อต่อการรักษาเพียงอย่างเดียว
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
ChIP-seq with Bioconductor in R
คำแนะนำการฝึกหัด
- เลือก peaks ทั้งหมดที่มีความเข้มของสัญญาณสูงกว่าในกลุ่มตัวอย่างที่ดื้อต่อการรักษา เมื่อเทียบกับกลุ่มเนื้องอกปฐมภูมิ
- รันการวิเคราะห์ enrichment
- แสดงผลลัพธ์ของการวิเคราะห์
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Select all peaks with higher intensity in treatment resistant samples
turp_peaks <- peaks_binding[, "GSM1598218"] + peaks_binding[, "GSM1598219"] < ___[, "GSM1598223"] + ___[, "GSM1598225"]
# Run enrichment analysis
enrich_turp <- ___(peaks_comb[turp_peaks, ], genome="hg19",
genesets = "hallmark", out_name = NULL,
locusdef = "nearest_tss", qc_plots=FALSE)
# Print the results of the analysis
___(enrich_turp$results)