MA plot
MA plot แสดงภาพความแตกต่างระหว่างสองกลุ่มเทียบกับความเข้มของสัญญาณเฉลี่ย ซึ่งช่วยให้ประเมินความเอนเอียงที่อาจเกิดขึ้นในข้อมูลได้ โดยทั่วไปแล้ว ความเข้มของพีคส่วนใหญ่ไม่ควรเปลี่ยนแปลงระหว่างเงื่อนไข ดังนั้นจุดต่างๆ ในกราฟควรกระจุกตัวอยู่รอบเส้นแนวนอนที่ค่า 0 ซึ่งหมายถึงไม่มีการเปลี่ยนแปลง นอกจากนี้ MA plot ยังช่วยให้เห็นภาพรวมอย่างรวดเร็วว่าความแตกต่างระหว่างกลุ่มมีขนาดใหญ่เพียงใด
เช่นเดียวกับฟังก์ชันการพล็อตที่ใช้ก่อนหน้า DiffBind มีฟังก์ชัน dba.plotMA() สำหรับสร้าง MA plot ซึ่งดึงข้อมูลที่จำเป็นทั้งหมดจาก DBA object ได้โดยตรง
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
ChIP-seq with Bioconductor in R
คำแนะนำการฝึกหัด
- ใช้ฟังก์ชัน
dba.plotMA()เพื่อสร้าง MA plot - สังเกตกราฟที่ได้ และดูว่าความแตกต่างที่มีนัยสำคัญถูกเน้นให้เห็นชัดอย่างไร
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Create an MA plot
___(ar_diff)