เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

การลบ blacklisted regions ออก

การระบุและลบ peaks ที่อยู่ใน blacklisted regions เป็นขั้นตอนสำคัญในการเตรียมข้อมูลสำหรับการวิเคราะห์ขั้นต่อไป ในแบบฝึกหัดนี้จะใช้ blacklist ที่รวมอยู่ในแพ็กเกจ ChIPQC ซึ่งยังสามารถดาวน์โหลดได้โดยตรงจาก ENCODE

สำหรับแบบฝึกหัดนี้ peak calls อยู่ในตัวแปร peaks, ข้อมูล coverage อยู่ใน cover, และ blacklisted regions อยู่ใน blacklist.hg19 โดยฟังก์ชัน findOverlaps() จะมีประโยชน์ในที่นี้ คุณได้เรียนรู้แนวคิดเรื่อง overlapping regions มาแล้วในคอร์ส Bioconductor เบื้องต้น และจะได้กลับมาศึกษาเพิ่มเติมในบทนี้อีกครั้ง

อาจใช้เวลาสักครู่ในการโหลดข้อมูลและแพ็กเกจ R ที่จำเป็นทั้งหมด โปรดรอสักครู่

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

ChIP-seq with Bioconductor in R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

  • ค้นหา overlaps ทั้งหมดระหว่าง peaks และ blacklisted regions
  • พล็อต read coverage, peak calls และ blacklisted regions โดยใช้ Gviz
  • ลบ blacklisted peaks ทั้งหมดออก

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Find all overlaps between peaks and blacklisted regions
blacklisted <- ___(peaks, blacklist.hg19, type="within")

# Create a plot to display read coverage together with peak calls and blacklisted regions in the selected region
cover_track <- ___(cover, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
                         fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")

# Calculate peak_track and region_track, plot plotTracks
peak_track <- ___(peaks, name="Peaks", fill="orange")
region_track <- ___(region, name="Blacklist")
plotTracks(list(ideogram, cover_track, peak_track, region_track, GenomeAxisTrack()),
           chromosome="chr21", from=start(region)-1000, to=end(region)+1000)

# Remove all blacklisted peaks
clean_peaks <- ___[-from(blacklisted)]
แก้ไขและรันโค้ด