เจาะลึก Pathway

ในแบบฝึกหัดนี้ จะสร้าง URL ที่ลิงก์ไปยัง pathway ที่ระบุจากการวิเคราะห์ enrichment และไฮไลต์ gene ที่มี ChIP-seq peaks ซึ่งช่วยให้เห็นภาพรวมว่า gene หรือโปรตีนที่ gene เหล่านั้นสร้างขึ้นมีปฏิสัมพันธ์กันเองและกับโปรตีนอื่นอย่างไร เมื่อมีประสบการณ์มากขึ้น ข้อมูลนี้สามารถชี้ให้เห็นกลไกที่เป็นไปได้ซึ่งอาจอธิบายความแตกต่างระหว่างกลุ่มในการศึกษาได้อย่างรวดเร็ว

รูปแบบทั่วไปของ URL เหล่านี้คือ: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>

จะสร้าง URL สำหรับแสดง pathway อันดับต้นจากการวิเคราะห์ enrichment พร้อมไฮไลต์ gene ที่เชื่อมโยงกับ peaks โดย object top_path และ genes ที่สร้างไว้ก่อนหน้านี้พร้อมใช้งานใน workspace แล้ว

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

ChIP-seq with Bioconductor in R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

เพิ่ม ID ของ pathway ลงใน URL
รวม ID ของ gene ใน pathway ที่เชื่อมโยงกับ peaks ให้เป็น string เดียว โดยคั่นด้วย '+'
เพิ่ม string สำหรับเลือก gene ลงใน URL

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"

# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)

# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")

# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")

แก้ไขและรันโค้ด