การอ่านไฟล์ BED
ในแบบฝึกหัดนี้ จะโหลดข้อมูล peak calls จากไฟล์ BED แล้วใช้ตำแหน่งของ peaks เพื่อดึง reads ที่ทับซ้อนกับ peaks จากไฟล์ BAM
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
ChIP-seq with Bioconductor in R
คำแนะนำการฝึกหัด
- ใช้ฟังก์ชัน
import.bedเพื่อโหลด peak calls จาก chr20_peaks - นำ peak calls เหล่านี้ไปสร้างออบเจกต์
BamViewsสำหรับ chr20_bam - โหลด reads ที่ทับซ้อนกับ peak calls
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Load peak calls from chr20_peaks
peaks <- ___(chr20_peaks)
# Create a BamViews object
bam_views <- ___(___, bamRanges=peaks)
# Load the reads
reads <- ___(___)