เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

การใช้ Annotations

ในแบบฝึกหัดนี้ จะใช้พิกัดของยีนที่ได้จากแพ็กเกจ TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene ซึ่งเป็นแพ็กเกจที่ให้พิกัดของยีนมนุษย์ที่รู้จักทั้งหมด โดยได้โหลด object GRanges ที่มีพิกัดและ ID เฉพาะของยีนบนโครโมโซม 20 ไว้ให้แล้วในชื่อ human_genes

แม้ว่า ID เหล่านี้จะมีประโยชน์ในการระบุยีน แต่ก็ไม่ได้เข้าใจง่ายนัก การเพิ่มสัญลักษณ์ยีน (gene symbols) ที่อ่านเข้าใจได้ง่ายกว่าจะเป็นประโยชน์มากกว่า ซึ่งทำได้โดยใช้แพ็กเกจ org.Hs.eg.db ที่ให้การแมประหว่างตัวระบุยีนชุดต่างๆ ฟังก์ชัน select() ช่วยให้ดึงสัญลักษณ์ยีนที่เก็บอยู่ในคอลัมน์ SYMBOL สำหรับแต่ละ ID ได้ เมื่อดึงข้อมูลนี้แล้ว ก็สามารถเพิ่มลงในตารางตำแหน่งยีนได้

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

ChIP-seq with Bioconductor in R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

  • ดึงสัญลักษณ์ยีนจากคอลัมน์ SYMBOL ของ org.Hs.eg.db
  • ตรวจสอบโครงสร้างของ annotations ที่ได้รับคืน
  • เพิ่มสัญลักษณ์ยีนลงใน human_genes
  • ตรวจสอบผลลัพธ์

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Obtain gene symbols
gene_symbol <- ___(org.Hs.eg.db, keys=human_genes$gene_id, columns="SYMBOL", keytype="ENTREZID")

# Examine the structure of the returned annotations
str(___)

# Add gene symbols to gene coordinates
human_genes$symbol <- ___

# Examine output
print(human_genes)
แก้ไขและรันโค้ด