การกรอง reads

ในแบบฝึกหัดนี้ จะทำความสะอาดข้อมูลเพิ่มเติมด้วยการลบ reads ที่มีคุณภาพการจัดเรียงต่ำออก โดยต้องโหลดค่าคุณภาพการจัดเรียง (alignment quality) จากไฟล์ BAM ก่อน ซึ่งข้อมูลนี้เก็บอยู่ในฟิลด์ mapq

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

ChIP-seq with Bioconductor in R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

โหลด reads พร้อมข้อมูลคุณภาพการจัดเรียงที่แนบมากับแต่ละ read
ระบุ alignment ทั้งหมดที่มีค่าคุณภาพอย่างน้อย 20
สร้าง boxplot เพื่อเปรียบเทียบการกระจายของค่าคุณภาพการจัดเรียงระหว่างกลุ่มคุณภาพสูงและต่ำ
ลบ alignment ที่มีคุณภาพต่ำทั้งหมดออก

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Load reads with mapping qualities by requesting the "mapq" entries
reads <- readGAlignments(bam_file, param=ScanBamParam(what=___))

# Identify good quality alignments
high_mapq <- mcols(reads)$mapq >= ___

# Examine mapping quality distribution for high and low quality alignments
___(mcols(reads)$mapq ~ high_mapq, xlab="good quality alignments", ylab="mapping quality")

# Remove low quality alignments
reads_good <- subset(reads, ___)

แก้ไขและรันโค้ด