Peaks เทียบกับ Background
ถึงเวลาเปรียบเทียบการกระจายตัวของ coverage ในส่วนของ peaks, blacklisted regions และ background แล้ว ในแบบฝึกหัดนี้จะใช้ข้อมูลจากโครโมโซม 5
ค่า read count แบบ binned สำหรับ peaks, blacklisted regions และ background ของโครโมโซมนี้อยู่ในตัวแปร peak_bins, bl_bins และ bkg_bins ตามลำดับ โดยคอลัมน์ score เก็บค่า read count ไว้
อาจต้องรอสักครู่เพื่อโหลดข้อมูลและแพ็กเกจ R ที่จำเป็นทั้งหมด กรุณารอสักครู่
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
ChIP-seq with Bioconductor in R
คำแนะนำการฝึกหัด
- เตรียมค่า read count สำหรับการพล็อตโดยจัดระเบียบข้อมูลในรูปแบบ data frame
- รวม data frame ทั้งสามเข้าด้วยกันโดยใช้
rbind() - สร้าง boxplot ของค่า read count จำแนกตามประเภทของ bin
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Prepare read counts for plotting by organising them in data frames
peak_scores <- data.frame(source="peaks", fragments=___$score)
bl_scores <- data.frame(source="blacklist", fragments=___)
bkg_scores <- data.frame(source="background", fragments=___)
scores <- rbind(___, ___, ___)
# Create a boxplot of the read counts by bin type
ggplot(___, aes(y=fragments, x=source)) + geom_boxplot()