เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

การจัดกลุ่มตัวอย่าง

อีกวิธีหนึ่งในการมองความคล้ายคลึงระหว่างตัวอย่างคือการใช้ hierarchical clustering ซึ่งมีสองขั้นตอน ขั้นแรก ให้คำนวณระยะห่างระหว่างตัวอย่างโดยอิงจากค่า coverage (ที่ผ่านการ normalize แล้ว) ของ peak โดยใช้ฟังก์ชัน dist() จากนั้นนำระยะห่างแบบ pairwise ที่ได้ไปจัดกลุ่มตัวอย่างที่คล้ายกันเข้าด้วยกันโดยใช้ hclust() ซึ่งจะสร้าง dendrogram ที่แสดงความสัมพันธ์เชิงลำดับชั้นระหว่างตัวอย่าง เมทริกซ์ที่มีข้อมูล coverage ที่ผ่านการ normalize อย่างเหมาะสมพร้อมใช้งานในรูปแบบ R object ชื่อ cover

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

ChIP-seq with Bioconductor in R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

  • คำนวณระยะห่างแบบ pairwise ระหว่างตัวอย่างโดยใช้ dist()
  • ใช้ hclust() เพื่อสร้าง dendrogram จาก distance matrix
  • พล็อต dendrogram

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Compute the pairwise distances between samples using `dist`
cover_dist <- ___(t(cover))

# Use `hclust()` to create a dendrogram from the distance matrix
cover_dendro <- ___(cover_dist)

# Plot the dendrogram
plot(___)
แก้ไขและรันโค้ด