เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

การแสดงภาพความแตกต่างในการจับของโปรตีน

ทั้ง PCA plot และ dendrogram บ่งชี้ว่าตัวอย่างจาก primary tumors และ treatment-resistant tumors ต่างก็รวมกลุ่มกันอยู่กลุ่มละชุด ผลนี้น่าพอใจ แต่ยังบอกได้น้อยมากว่าความแตกต่างเหล่านั้นมีลักษณะอย่างไร ในแบบฝึกหัดนี้ คุณจะสร้าง heatmap เพื่อเปรียบเทียบความเข้มของ peak ระหว่างตัวอย่างต่าง ๆ ซึ่งจะช่วยเผยให้เห็นรูปแบบการจับของโปรตีนที่แยกแยะกลุ่มตัวอย่างออกจากกัน

ชุด peak ที่รวบรวมจากทุกตัวอย่างมีให้ในตัวแปร peaks ก่อนสร้าง heatmap จำเป็นต้องทราบจำนวน peak ทั้งหมดในชุดข้อมูลก่อน โดยรายละเอียดของชุด merged peak มีอยู่ใน entry merged ของ peaks

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

ChIP-seq with Bioconductor in R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

  • แสดงผลอ็อบเจกต์ peaks
  • ดึงพิกัดของ merged peaks
  • สกัดจำนวน peak ที่มีอยู่ในข้อมูล
  • สร้าง heatmap โดยใช้ฟังก์ชัน dba.plotHeatmap

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Print the `peaks` object
print(___)

# Obtain the coordinates of the merged peaks
merged_peaks <- peaks$___

# Extract the number of peaks present in the data
peak_count <- nrow(___)

# Create a heatmap using the `dba.plotHeatmap()` function
___(peaks, maxSites = ___, correlations = FALSE)
แก้ไขและรันโค้ด