Grafic vulcan

În continuare, vei crea un grafic vulcan pentru a vizualiza amploarea expresiei diferențiale în studiul despre leucemie. Acesta afișează pe axa y logaritmul șanselor de expresie diferențială, iar pe axa x logaritmul raportului de modificare (log fold change).

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Obiectul modelului ajustat pentru studiul despre leucemie din Capitolul 2, fit2, a fost încărcat în spațiul tău de lucru. Pachetul limma este deja încărcat.

Creează un grafic vulcan care evidențiază primele 5 gene.
Etichetează primele 5 gene cu simbolurile lor genice, transmițând coloana symbol din cadrul de date fit2$genes argumentului names.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Create a volcano plot. Highlight the top 5 genes
___(fit2, highlight = ___, names = ___)

Editează și rulează codul