Histogramă a valorilor p

După efectuarea testului, confirmă că modelul a fost specificat corect inspectând distribuția valorilor p pentru fiecare contrast. Reține că o distribuție uniformă a valorilor p este așteptată pentru un contrast cu puține gene exprimate diferențial, în timp ce o distribuție asimetrică spre dreapta este așteptată pentru un contrast cu multe gene exprimate diferențial.

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Obiectul modelului ajustat fit2 a fost încărcat în spațiul tău de lucru. Pachetul limma este deja încărcat.

Folosește topTable pentru a obține statisticile rezumative pentru fiecare genă, pentru contrastul "dox_wt". Setează numărul de gene returnate egal cu numărul de rânduri ale obiectului fit2.
Repetă pentru contrastele "dox_top2b" și "interaction".
Folosește hist pentru a crea o histogramă a valorilor p pentru fiecare dintre cele trei contraste.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Obtain the summary statistics for the contrast dox_wt
stats_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
                         sort.by = "none")
# Obtain the summary statistics for the contrast dox_top2b
stats_dox_top2b <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
                            sort.by = "none")
# Obtain the summary statistics for the contrast interaction
stats_interaction <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
                              sort.by = "none")

# Create histograms of the p-values for each contrast
___(stats_dox_wt[___])
___(stats_dox_top2b[___])
___(stats_interaction[___])

Editează și rulează codul