Matricea contrastelor pentru un design factorial 2x2

Într-un design factorial 2x2 există multe contraste de analizat. Trebuie să testezi diferențele dintre tipul de copac în fiecare condiție de udare, diferențele în răspunsul la secetă pentru fiecare tip de copac, precum și diferențele în răspunsul la secetă dintre cele două tipuri de copac (cunoscute în mod tradițional ca efectul de interacțiune).

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Obiectul ExpressionSet eset cu datele Populus și matricea de design creată anterior (design) au fost încărcate în spațiul tău de lucru.

Creează type_drought pentru a testa efectul tipului de copac (NM6 față de DN34) în condiția de secetă.
Creează water_dn34 pentru a testa efectul secetei la copacii DN34.
Creează un termen de interacțiune pentru a testa diferențele în răspunsul la secetă dintre cele două tipuri de copac (indiciu: contrastează water_nm6 și water_dn34).

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(type_normal = nm6.normal - dn34.normal,
                    type_drought = ___ - ___,
                    water_nm6 = nm6.drought - nm6.normal,
                    water_dn34 = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Editează și rulează codul