Testează expresia diferențială pentru mediile grupurilor

Acum că ai specificat matricea de design și matricea de contraste, poți testa expresia diferențială.

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Instrucțiuni pentru exercițiu

Obiectul ExpressionSet eset cu datele despre leucemie, matricea de design (design) și matricea de contraste (cm) au fost încărcate în spațiul tău de lucru.

Ajustează coeficienții modelului cu lmFit.
Ajustează contrastele cu contrasts.fit.
Calculează statisticile t cu eBayes.
Rezumă rezultatele cu decideTests. Nu este nevoie să selectezi un subset din fit2 ca în parametrizarea treatment-contrasts, deoarece modelul group-means nu conține un termen de intercept.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

Editează și rulează codul