Matricea de design pentru un design factorial 2x2
În acest experiment factorial 2x2, menit să investigheze efectul secetei asupra creșterii copacilor, 2 tipuri diferite de arbori Populus au fost cultivați cu 2 cantități diferite de apă. Pentru a avea un coeficient al modelului per grup, trebuie mai întâi să combini cele două variabile.
Acest exercițiu face parte din cursul
Analiza expresiei diferențiale cu limma în R
Instrucțiuni pentru exercițiu
Obiectul ExpressionSet eset cu datele Populus a fost încărcat în spațiul tău de lucru.
Combină variabilele
type(tipul de arbore) șiwater(normal vs. secetă) într-o singură variabilă factor.Folosește
model.matrixpentru a crea o matrice de design fără interceptare.
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)