Matricea de contraste

Pentru a testa efectul doxorubicinei asupra inimilor șoarecilor de tip sălbatic și ale celor cu absența genei Top2b (și orice interacțiune dintre tratament și genotip), trebuie să contrastezi coeficienții din matricea de design.

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Obiectul ExpressionSet eset cu datele despre doxorubicină și matricea de design design au fost încărcate în spațiul tău de lucru. Pachetul limma este deja încărcat.

Creează dox_wt pentru a testa efectul doxorubicinei la șoarecii de tip sălbatic.
Creează dox_top2b pentru a testa efectul doxorubicinei la șoarecii cu absența genei Top2b.
Creează un termen de interacțiune pentru a testa diferențele în răspunsul la doxorubicină dintre cele două tipuri de șoareci (indiciu: contrastează dox_top2b și dox_wt).

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(dox_wt = ___ - ___,
                    dox_top2b = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Editează și rulează codul