Verifică sursele de variație

Următorul pas este să folosești analiza componentelor principale pentru a identifica sursele de variație din date. Eșantioanele se grupează după genotip (WT vs. Top2b null) și după tratament (PBS vs. Dox)?

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Obiectul ExpressionSet eset cu datele despre doxorubicină a fost încărcat în spațiul tău de lucru. Pachetul limma este deja încărcat.

Folosește plotMDS pentru a reprezenta grafic componentele principale. Etichetează eșantioanele după genotipul lor.
Revisualizează componentele principale, de data aceasta etichetând eșantioanele după tratamentul lor.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")

# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")

Editează și rulează codul