Testează expresia diferențială pentru 3 grupuri
Acum că ai specificat matricea de design și matricea de contraste, poți testa expresia diferențială.
Acest exercițiu face parte din cursul
Analiza expresiei diferențiale cu limma în R
Instrucțiuni pentru exercițiu
Obiectul ExpressionSet eset cu datele privind hipoxia, matricea de design (design) și matricea de contraste (cm) au fost încărcate în spațiul tău de lucru.
Ajustează coeficienții modelului cu
lmFit.Ajustează contrastele cu
contrasts.fit.Calculează statisticile t cu
eBayes.Rezumă rezultatele cu
decideTests.
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)