Matricea contrastelor pentru media grupurilor

Deoarece folosești parametrizarea bazată pe media grupurilor, există acum un pas suplimentar în pipeline-ul limma. Coeficienții reprezintă acum nivelul mediu de expresie pentru fiecare dintre cele două grupuri de eșantioane, deci trebuie să specifici un contrast personalizat pentru a testa diferențele dintre leucemiile progresive și cele stabile.

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Obiectul ExpressionSet eset cu datele despre leucemie și matricea de design pe care tocmai ai creat-o (design) au fost încărcate în spațiul tău de lucru.

Folosește makeContrasts pentru a defini contrastul status, care reprezintă diferența dintre nivelul mediu de expresie al cancerelor progresive și al celor stabile.
Transmite matricea de design design argumentului levels. Aceasta permite ca numele coloanelor din design (care corespund coeficienților) să fie utilizate în definițiile contrastelor.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
                    levels = ___)

# View the contrasts matrix
cm

Editează și rulează codul