Eliminarea efectelor de lot

În exercițiul anterior, ai demonstrat că efectul lotului a avut un impact mai mare asupra variației decât efectul tratamentului. Din fericire, studiul celulelor stem olfactive a fost perfect echilibrat – adică fiecare tratament a fost inclus în toate cele 4 loturi. Astfel, poți elimina variația introdusă de procesarea pe loturi pentru a crește raportul semnal-zgomot.

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Obiectul ExpressionSet eset cu datele celulelor stem olfactive a fost încărcat în spațiul tău de lucru.

Folosește removeBatchEffect pentru a elimina efectul celor 4 loturi din date.
Folosește plotMDS pentru a reprezenta grafic componentele principale. Etichetează eșantioanele în funcție de tratamentul aplicat.
Vizualizează din nou componentele principale, etichetând de această dată eșantioanele după lotul din care fac parte.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Load package
library(limma)

# Remove the batch effect
exprs(eset) <- ___(eset, batch = ___)

# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___, gene.selection = ___)

# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = ___, gene.selection = ___)

Editează și rulează codul