Creează un boxplot cu un obiect ExpressionSet

Acum că ai combinat toate datele experimentale într-un singur obiect ExpressionSet, este mai convenabil să selectezi caracteristicile și eșantioanele dorite. În acest exercițiu, vei crea din nou un boxplot pentru a vizualiza o genă, dar de data aceasta vei filtra și eșantioanele incluse în grafic.

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Obiectul ExpressionSet eset a fost încărcat în spațiul tău de lucru.

Filtrează eset pentru a păstra doar primele 10 eșantioane (coloane).
Creează un boxplot pentru gena cu numărul 1000 (adică rândul 1000) din eset_sub, folosind funcțiile de acces exprs, pData și fData.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]

# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)

# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
        main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])

Editează și rulează codul