Matricea de design pentru 3 grupuri

În experimentul de hipoxie, celulele stem au fost expuse la 3 niveluri diferite de oxigen: 1%, 5% și 21%. Pentru a contrasta funcția celulară în aceste 3 medii diferite, folosește parametrizarea pe medii de grup pentru a specifica un model liniar cu câte un coeficient pentru fiecare nivel de oxigen.

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Obiectul ExpressionSet eset cu datele despre hipoxie a fost încărcat în spațiul tău de lucru.

Folosește model.matrix pentru a crea o matrice de design fără interceptare. Reamintește-ți că variabila de interes pentru acest studiu (3 niveluri de oxigen) se află în coloana oxygen din cadrul de date fenotipice.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))

# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)

Editează și rulează codul