Creează un obiect ExpressionSet

Gestionarea a 3 seturi de date separate pentru un singur experiment este anevoioasă și predispusă la erori, mai ales dacă trebuie să aplici filtrări. Combină cele 3 seturi de date din experimentul cu leucemie într-un obiect unificat, folosind clasa ExpressionSet din Bioconductor.

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Matricea de expresie (x), datele despre caracteristici (f) și datele despre fenotip (p) sunt încărcate în spațiul tău de lucru.

Creează un nou obiect ExpressionSet folosind funcția ExpressionSet.
Pasează matricea de expresie argumentului assayData.
Pasează data frame-ul cu date despre fenotip argumentului phenoData.
Pasează data frame-ul cu date despre caracteristici argumentului featureData.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Load package
library(Biobase)

# Create ExpressionSet object
eset <- ___(assayData = ___,
                      phenoData = AnnotatedDataFrame(___),
                      featureData = AnnotatedDataFrame(___))

# View the number of features (rows) and samples (columns)
dim(eset)

Editează și rulează codul