Îmbogățirea căilor metabolice

Pentru a înțelege mai bine efectul genelor diferențial exprimate din studiul cu doxorubicin, vei testa îmbogățirea căilor biologice cunoscute, catalogate în baza de date KEGG. Care căi KEGG sunt supra-reprezentate în genele diferențial exprimate pentru contrastele „dox_wt" și „interaction"?

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Obiectul modelului ajustat fit2 a fost încărcat în spațiul tău de lucru. Pachetul limma este deja încărcat.

Extrage ID-urile Entrez Gene din cadrul de date fit2$genes.
Testează îmbogățirea căilor KEGG cu kegga pentru contrastul "dox_wt". Setează specia la "Mm" pentru Mus musculus.
Vizualizează primele 5 căi KEGG îmbogățite cu topKEGG.
Repetă analiza îmbogățirii căilor metabolice pentru contrastul "interaction".

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___

# Test for enriched KEGG Pathways for contrast dox_wt
enrich_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, geneid = entrez, species = ___)

# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(enrich_dox_wt, number = 5)

# Test for enriched KEGG Pathways for contrast interaction
enrich_interaction <- ___(fit2, coef = ___, geneid = ___, species = ___)

# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(___, number = ___)

Editează și rulează codul