Vizualizează efectele de lot

În experimentul cu celule stem olfactive, au existat 7 tratamente cu câte 4 replici fiecare, pentru un total de 28 de eșantioane. Acestea au fost procesate însă în 4 loturi separate. Efectul tratamentelor prezintă interes biologic, în timp ce efectul loturilor reprezintă zgomot tehnic. Folosind reducerea dimensionalității, determină care dintre aceste două efecte a avut un impact mai mare asupra datelor de expresie genică.

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Obiectul ExpressionSet eset cu datele din experimentul cu celule stem olfactive a fost încărcat în spațiul tău de lucru.

Folosește plotMDS pentru a reprezenta grafic componentele principale. Etichetează eșantioanele după tratamentul aplicat și setează gene.selection la "common".
Revisualizează componentele principale, etichetând de această dată eșantioanele după lotul din care fac parte.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Load package
library(limma)

# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")

# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")

Editează și rulează codul