Grafic vulcan

Acum vei vizualiza amploarea expresiei diferențiale pentru fiecare contrast cu ajutorul unui grafic vulcan, care afișează log-ul cotelor de expresie diferențială pe axa y față de log-ul modificării de amplitudine pe axa x.

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Obiectul modelului ajustat fit2 a fost încărcat în spațiul tău de lucru. Pachetul limma este deja încărcat.

Accesează simbolurile genelor (symbol) din cadrul de date fit2$genes.
Creează un grafic vulcan care evidențiază primele 5 gene pentru fiecare dintre cele 3 contraste.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]

# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)

# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)

# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)

Editează și rulează codul