Testează expresia diferențială pentru un design factorial 2x2

Chiar dacă ai mai multe contraste decât în exemplele anterioare, testarea expresiei diferențiale cu limma urmează același pipeline.

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Obiectul ExpressionSet eset cu datele Populus, matricea de design (design) și matricea de contraste (cm) au fost încărcate în spațiul tău de lucru.

Ajustează coeficienții modelului cu lmFit.
Ajustează contrastele cu contrasts.fit.
Calculează statisticile t cu eBayes.
Rezumă rezultatele cu decideTests.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

Editează și rulează codul