Specifică un model liniar pentru a compara 2 grupuri
Pentru a identifica genele exprimate diferențial în experimentul privind leucemia, trebuie să transcrieri în R următorul model liniar:
unde \(X_{1}\) este egal cu 1 pentru cancerele progresive și cu 0 pentru cancerele stabile (notă: R alege automat condiția de bază în ordine alfabetică).
Acest exercițiu face parte din cursul
Analiza expresiei diferențiale cu limma în R
Instrucțiuni pentru exercițiu
Obiectul ExpressionSet eset cu datele despre leucemie a fost încărcat în spațiul tău de lucru.
- Folosește
model.matrixpentru a construi o matrice de design cu un coeficient de interceptare și un coeficient care indică statusul bolii.
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Create design matrix for leukemia study
design <- ___(~___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)