Testează expresia diferențială dintre 2 grupuri

Acum că ai un obiect ExpressionSet și o matrice de design, poți ajusta și testa modelul cu limma.

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Instrucțiuni pentru exercițiu

Obiectul ExpressionSet eset cu datele despre leucemie și matricea de design pe care tocmai ai creat-o (design) au fost încărcate în spațiul tău de lucru.

Ajustează coeficienții modelului cu lmFit.
Calculează statisticile t cu eBayes.
Rezumă rezultatele cu decideTests.
Deoarece nu are sens să testezi termenul de intercept, specifică coeficientul "Diseasestable" când rulezi decideTests.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)

# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)

Editează și rulează codul