Matricea de design pentru modelul mediilor de grup

În capitolul anterior, ai testat datele despre leucemie pentru expresie diferențială folosind parametrizarea tradițională treatment-contrasts. Ca prim pas spre a învăța parametrizarea mai flexibilă group-means, vei retesta datele despre leucemie pentru a confirma că obții aceleași rezultate.

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Obiectul ExpressionSet eset cu datele despre leucemie a fost încărcat în spațiul tău de lucru.

Folosește model.matrix pentru a crea o matrice de design fără interceptare. Reține că variabila de interes pentru acest studiu (cancere progresive vs. stabile) se află în coloana Disease din cadrul de date fenotipice.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))

# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)

Editează și rulează codul