Matricea de design

Experimentul cu doxorubicină urmează un design factorial 2x2, așadar va trebui să creezi o variabilă combinată pentru a folosi parametrizarea de tip group-means.

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Obiectul ExpressionSet eset cu datele despre doxorubicină a fost încărcat în spațiul tău de lucru.

Combină variabilele genotype (WT vs. Top2b null) și treatment (PBS vs. Dox) într-o singură variabilă factor.
Folosește model.matrix pentru a crea o matrice de design fără intercept.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)

# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)

# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)

Editează și rulează codul