Categorii de ontologie genică

În exercițiul anterior, ai testat îmbogățirea căilor biologice. Acum vei testa îmbogățirea în seturi de gene cunoscute pentru că influențează același proces biologic – acestea se numesc categorii de ontologie genică (GO). Care categorii GO sunt supra-reprezentate în genele diferențial exprimate din studiul privind leucemia?

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Obiectul model ajustat al studiului privind leucemia din Capitolul 2, fit2, a fost încărcat în spațiul tău de lucru. Pachetul limma este deja încărcat.

Extrage ID-urile Entrez Gene din cadrul de date fit2$genes.
Testează categoriile GO îmbogățite cu goana. Setează specia la "Hs" pentru Homo sapiens.
Vizualizează primele 20 de categorii GO îmbogățite cu topGO. Setează argumentul ontology la "BP" pentru a returna Procesele Biologice.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___

# Test for enriched GO categories
enrich_go <- ___(fit2[1:500, ], geneid = ___, species = ___)

# View the top 20 enriched GO Biological Processes
___(enrich_go, ontology = ___)

Editează și rulează codul