Testează expresia diferențială

Acum că ai definit o matrice de design și o matrice de contraste, poți testa expresia diferențială cauzată de tratamentul cu doxorubicină la cele două tipuri de șoareci.

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Obiectul ExpressionSet eset cu datele despre doxorubicină, matricea de design design și matricea de contraste cm au fost încărcate în spațiul tău de lucru. Pachetul limma este deja încărcat.

Ajustează coeficienții modelului cu lmFit.
Ajustează contrastele cu contrasts.fit.
Calculează statisticile t cu eBayes.
Rezumă rezultatele cu decideTests și vennDiagram.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

# Create a Venn diagram
___(results)

Editează și rulează codul