Matricea de contraste pentru 3 grupuri

Pentru a identifica genele exprimate diferențial între fiecare dintre cele 3 niveluri de oxigen, trebuie să definești 3 contraste pereche.

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Obiectul ExpressionSet eset cu datele despre hipoxie și matricea de design pe care tocmai ai creat-o (design) au fost încărcate în spațiul tău de lucru.

Folosește makeContrasts pentru a defini cele 3 contraste pereche. Reține că trebuie să folosești numele coloanelor din matricea de design fără ghilimele.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox05 = ___ - ___,
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Editează și rulează codul