Căi KEGG
Pentru a facilita interpretarea rezultatelor expresiei diferențiale, o tehnică frecvent utilizată este testarea suprareprezentării în seturi de gene cunoscute. Baza de date KEGG conține seturi curate de gene despre care se știe că interacționează în aceeași cale biologică. Care căi KEGG sunt suprareprezentate în genele cu expresie diferențială din studiul leucemiei?
Acest exercițiu face parte din cursul
Analiza expresiei diferențiale cu limma în R
Instrucțiuni pentru exercițiu
Obiectul modelului ajustat al studiului leucemiei din Capitolul 2, fit2, a fost încărcat în spațiul tău de lucru. Pachetul limma este deja încărcat.
Extrage ID-urile Entrez Gene din data frame-ul
fit2$genes.Testează căile KEGG îmbogățite cu
kegga. Setează specia la"Hs"pentru Homo sapiens.Vizualizează primele 20 de căi KEGG îmbogățite cu
topKEGG.
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- fit2$genes[___]
# Test for enriched KEGG Pathways
enrich_kegg <- ___(fit2, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 20 enriched KEGG pathways
___(enrich_kegg)