Histograma valorilor p

Un grafic de diagnostic util este histograma valorilor p. O densitate mare de valori p mici indică multe gene cu expresie diferențială, în timp ce o histogramă distribuită uniform sugerează că există puține astfel de gene. Creează o histogramă a valorilor p pentru studiul leucemiei.

Acest exercițiu face parte din cursul

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Obiectul modelului ajustat pentru studiul leucemiei din Capitolul 2, fit2, a fost încărcat în spațiul tău de lucru. Pachetul limma este deja încărcat.

Folosește topTable pentru a obține statisticile rezumative pentru fiecare genă.
Pentru a obține rezultate pentru fiecare genă, setează argumentul number la numărul de rânduri ale lui fit2.
Pentru a dezactiva sortarea rezultatelor după nivelul de semnificație, setează argumentul sort.by la "none".
Folosește hist pentru a crea o histogramă a valorilor p.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Obtain the summary statistics for every gene
stats <- ___(fit2, number = ___, sort.by = ___)

# Plot a histogram of the p-values
___(stats[, ___])

Editează și rulează codul