Geny, które robią różnicę
Identyfikacja szczytów ChIP-seq to ważny krok, ale sama w sobie niewiele mówi o tym, co dzieje się wewnątrz komórki.
W tym ćwiczeniu zobaczysz, jak można wykorzystać adnotacje genomowe do interpretacji wyników ChIP-seq. Do sesji R zostały wczytane dwa zestawy genów. Pierwszy, ar_sets, zawiera listę wszystkich genów powiązanych
ze szczytami w pierwotnych guzach i guzach opornych na leczenie. Drugi, db_sets, jest podzbiorem pierwszego
i zawiera wyłącznie geny powiązane ze szczytami wykazującymi różnicowe wiązanie między tymi dwoma warunkami.
Do zwizualizowania nakładania się zestawów genów dla próbek z guza pierwotnego i opornego na leczenie użyjesz funkcji upset() z pakietu UpSetR.
To ćwiczenie jest częścią kursu
ChIP-seq z Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Przejrzyj pełne zestawy genów zapisane w obiekcie
ar_sets. - Zwizualizuj nakładanie się dwóch grup za pomocą funkcji
upset(). - Przejrzyj geny z różnicowym wiązaniem.
- Zwizualizuj nakładanie się szczytów z różnicowym wiązaniem między dwiema grupami za pomocą funkcji
upset().
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Take a look at the full gene sets
print(___)
# Visualise the overlap between the two groups using the `upset` function
upset(fromList(___))
# Print the genes with differential binding
___(db_sets)
# Visualise the overlap of differentially bound peaks between the two groups using the `upset` function
___(fromList(___))