1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. ChIP-seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Geny, które robią różnicę

Identyfikacja szczytów ChIP-seq to ważny krok, ale sama w sobie niewiele mówi o tym, co dzieje się wewnątrz komórki. W tym ćwiczeniu zobaczysz, jak można wykorzystać adnotacje genomowe do interpretacji wyników ChIP-seq. Do sesji R zostały wczytane dwa zestawy genów. Pierwszy, ar_sets, zawiera listę wszystkich genów powiązanych ze szczytami w pierwotnych guzach i guzach opornych na leczenie. Drugi, db_sets, jest podzbiorem pierwszego i zawiera wyłącznie geny powiązane ze szczytami wykazującymi różnicowe wiązanie między tymi dwoma warunkami.

Do zwizualizowania nakładania się zestawów genów dla próbek z guza pierwotnego i opornego na leczenie użyjesz funkcji upset() z pakietu UpSetR.

Instrukcje

100 XP
  • Przejrzyj pełne zestawy genów zapisane w obiekcie ar_sets.
  • Zwizualizuj nakładanie się dwóch grup za pomocą funkcji upset().
  • Przejrzyj geny z różnicowym wiązaniem.
  • Zwizualizuj nakładanie się szczytów z różnicowym wiązaniem między dwiema grupami za pomocą funkcji upset().