Wczytywanie plików BED
W tym ćwiczeniu wczytasz wywołania pików z pliku BED, a następnie wykorzystasz informacje o lokalizacji pików do wyodrębnienia odczytów pokrywających się z pikami z pliku BAM.
To ćwiczenie jest częścią kursu
ChIP-seq z Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Użyj funkcji
import.bed, aby wczytać wywołania pików z pliku chr20_peaks. - Na podstawie tych wywołań pików utwórz obiekt
BamViewsdla pliku chr20_bam. - Wczytaj odczyty pokrywające się z wywołaniami pików.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Load peak calls from chr20_peaks
peaks <- ___(chr20_peaks)
# Create a BamViews object
bam_views <- ___(___, bamRanges=peaks)
# Load the reads
reads <- ___(___)