1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. ChIP-seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Usuwanie regionów z czarnej listy

Identyfikowanie i usuwanie szczytów w regionach z czarnej listy to ważny krok w przygotowaniu danych do dalszej analizy. W tym ćwiczeniu korzystamy z czarnej listy dołączonej do pakietu ChIPQC. Jest ona również dostępna bezpośrednio z serwisu ENCODE.

Na potrzeby tego ćwiczenia wywołania szczytów są dostępne w obiekcie peaks, dane pokrycia – w cover, a regiony z czarnej listy – w blacklist.hg19. Przyda się tu funkcja findOverlaps(). Z koncepcją nakładających się regionów miałeś już do czynienia we wprowadzającym kursie Bioconductor – wrócimy do niej jeszcze w tym rozdziale.

Wczytanie wszystkich wymaganych danych i pakietów R może chwilę potrwać. Prosimy o cierpliwość.

Instrukcje

100 XP
  • Znajdź wszystkie nakładające się obszary między szczytami a regionami z czarnej listy.
  • Wykreśl pokrycie odczytów, wywołania szczytów oraz regiony z czarnej listy przy użyciu Gviz.
  • Usuń wszystkie szczyty należące do czarnej listy.