Usuwanie regionów z czarnej listy
Identyfikowanie i usuwanie szczytów w regionach z czarnej listy to ważny krok w przygotowaniu danych do dalszej analizy. W tym ćwiczeniu korzystamy z czarnej listy dołączonej do pakietu ChIPQC. Jest ona również dostępna bezpośrednio z serwisu ENCODE.
Na potrzeby tego ćwiczenia wywołania szczytów są dostępne w obiekcie peaks, dane pokrycia – w cover, a regiony z czarnej listy – w blacklist.hg19. Przyda się tu funkcja findOverlaps(). Z koncepcją nakładających się regionów miałeś już do czynienia we wprowadzającym kursie Bioconductor – wrócimy do niej jeszcze w tym rozdziale.
Wczytanie wszystkich wymaganych danych i pakietów R może chwilę potrwać. Prosimy o cierpliwość.
To ćwiczenie jest częścią kursu
ChIP-seq z Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Znajdź wszystkie nakładające się obszary między szczytami a regionami z czarnej listy.
- Wykreśl pokrycie odczytów, wywołania szczytów oraz regiony z czarnej listy przy użyciu Gviz.
- Usuń wszystkie szczyty należące do czarnej listy.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Find all overlaps between peaks and blacklisted regions
blacklisted <- ___(peaks, blacklist.hg19, type="within")
# Create a plot to display read coverage together with peak calls and blacklisted regions in the selected region
cover_track <- ___(cover, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Calculate peak_track and region_track, plot plotTracks
peak_track <- ___(peaks, name="Peaks", fill="orange")
region_track <- ___(region, name="Blacklist")
plotTracks(list(ideogram, cover_track, peak_track, region_track, GenomeAxisTrack()),
chromosome="chr21", from=start(region)-1000, to=end(region)+1000)
# Remove all blacklisted peaks
clean_peaks <- ___[-from(blacklisted)]