Podsumowanie różnic w wiązaniu białek
Ostatnim wykresem różnicowo związanych szczytów, który poznasz w tej lekcji, jest wykres pudełkowy. Ten typ wykresu pozwala podsumować rozkład intensywności szczytów w każdej próbce. DiffBind udostępnia do tego celu funkcję dba.plotBox(). Wykresy pudełkowe pokazują położenie mediany w poszczególnych grupach oraz rozrzut danych wokół niej. Wykres generowany przez DiffBind porównuje dwie grupy (guz pierwotny i guz oporny na leczenie) oraz podgrupy złożone z różnicowo związanych szczytów. Oprócz samego wykresu dba.plotBox() zwraca również wartości p dla porównań parami między tymi grupami.
Podobnie jak wcześniej, wyniki analizy różnicowego wiązania są dostępne jako ar_diff.
To ćwiczenie jest częścią kursu
ChIP-seq z Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Utwórz wykres pudełkowy intensywności szczytów.
- Sprawdź zwrócone wartości p. Które zestawy szczytów różnią się od siebie w sposób istotny statystycznie?
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Create a box plot of the peak intensities
compare_groups <- ___(ar_diff, notch=FALSE)
# Inspect the returned p-values
print(___)