Wczytywanie plików BAM

Na początek wczytasz zmapowane odczyty z pliku BAM do R. Pliki te przechowują informacje o wyrównaniu sekwencji odczytów do genomu referencyjnego w skompresowanym formacie binarnym. Ładowanie danych z plików BAM to standardowe zadanie podczas analizy danych genomicznych.

W tym ćwiczeniu najpierw wczytasz wszystkie odczyty z pliku BAM. Jest to proste, ale może wymagać dużej ilości pamięci – dlatego w drugiej części nauczysz się, jak wczytać tylko odczyty z interesującego cię regionu.

To ćwiczenie jest częścią kursu

ChIP-seq z Bioconductor w R

Zobacz kurs

Instrukcje do ćwiczenia

Wczytaj odczyty z pliku chr20_bam za pomocą funkcji readGAlignments().
Utwórz obiekt BamViews dla pliku chr20_bam, który obejmuje region 29 805 000–29 820 000 na chromosomie 20.
Użyj ponownie funkcji readGAlignments(), aby wczytać tylko odczyty z tego widoku.
Zbadaj obiekt reads_sub za pomocą funkcji str().

Interaktywne ćwiczenie praktyczne

Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.

# Load reads form chr20_bam file
reads <- ___(chr20_bam)

# Create a `BamViews` object for the range 29805000 - 29820000 on chromosome 20
bam_views <- ___(___, bamRanges=GRanges("chr20", IRanges(start=29805000, end=29820000)))

# Load only the reads in that view
reads_sub <- ___(___)

# Inspect the `reads_sub` object
___(reads_sub)

Edytuj i uruchom kod