1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. ChIP-seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Wczytywanie plików BAM

Na początek wczytasz zmapowane odczyty z pliku BAM do R. Pliki te przechowują informacje o wyrównaniu sekwencji odczytów do genomu referencyjnego w skompresowanym formacie binarnym. Ładowanie danych z plików BAM to standardowe zadanie podczas analizy danych genomicznych.

W tym ćwiczeniu najpierw wczytasz wszystkie odczyty z pliku BAM. Jest to proste, ale może wymagać dużej ilości pamięci – dlatego w drugiej części nauczysz się, jak wczytać tylko odczyty z interesującego cię regionu.

Instrukcje

100 XP
  • Wczytaj odczyty z pliku chr20_bam za pomocą funkcji readGAlignments().
  • Utwórz obiekt BamViews dla pliku chr20_bam, który obejmuje region 29 805 000–29 820 000 na chromosomie 20.
  • Użyj ponownie funkcji readGAlignments(), aby wczytać tylko odczyty z tego widoku.
  • Zbadaj obiekt reads_sub za pomocą funkcji str().