1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. ChIP-seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Korzystanie z adnotacji

W tym ćwiczeniu skorzystasz ze współrzędnych genów pobranych z pakietu TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene. Pakiet ten udostępnia współrzędne wszystkich znanych ludzkich genów. Obiekt GRanges ze współrzędnymi i unikalnymi identyfikatorami genów z chromosomu 20 został już wczytany jako human_genes.

Chociaż identyfikatory te są przydatne do identyfikacji genów, nie są zbyt czytelne dla człowieka. Warto uzupełnić je o bardziej zrozumiałe symbole genów. Można to zrobić za pomocą pakietu org.Hs.eg.db, który zapewnia mapowania między różnymi zestawami identyfikatorów genów. Funkcja select() pozwala pobrać symbol genu z kolumny SYMBOL dla każdego identyfikatora. Po wyodrębnieniu tych informacji możesz dodać je do tabeli z lokalizacjami genów.

Instrukcje

100 XP
  • Pobierz symbole genów z kolumny SYMBOL pakietu org.Hs.eg.db.
  • Sprawdź strukturę zwróconych adnotacji.
  • Dodaj symbole genów do obiektu human_genes.
  • Zbadaj wynik.