Korzystanie z adnotacji

W tym ćwiczeniu skorzystasz ze współrzędnych genów pobranych z pakietu TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene. Pakiet ten udostępnia współrzędne wszystkich znanych ludzkich genów. Obiekt GRanges ze współrzędnymi i unikalnymi identyfikatorami genów z chromosomu 20 został już wczytany jako human_genes.

Chociaż identyfikatory te są przydatne do identyfikacji genów, nie są zbyt czytelne dla człowieka. Warto uzupełnić je o bardziej zrozumiałe symbole genów. Można to zrobić za pomocą pakietu org.Hs.eg.db, który zapewnia mapowania między różnymi zestawami identyfikatorów genów. Funkcja select() pozwala pobrać symbol genu z kolumny SYMBOL dla każdego identyfikatora. Po wyodrębnieniu tych informacji możesz dodać je do tabeli z lokalizacjami genów.

To ćwiczenie jest częścią kursu

ChIP-seq z Bioconductor w R

Zobacz kurs

Instrukcje do ćwiczenia

Pobierz symbole genów z kolumny SYMBOL pakietu org.Hs.eg.db.
Sprawdź strukturę zwróconych adnotacji.
Dodaj symbole genów do obiektu human_genes.
Zbadaj wynik.

Interaktywne ćwiczenie praktyczne

Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.

# Obtain gene symbols
gene_symbol <- ___(org.Hs.eg.db, keys=human_genes$gene_id, columns="SYMBOL", keytype="ENTREZID")

# Examine the structure of the returned annotations
str(___)

# Add gene symbols to gene coordinates
human_genes$symbol <- ___

# Examine output
print(human_genes)

Edytuj i uruchom kod