1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. ChIP-seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Scalanie szczytów

Zanim zaczniesz adnotować wywołania szczytów, warto przyjrzeć się temu, jak uzyskać scalony zestaw szczytów uwzględniający wywołania ze wszystkich próbek. Pakiet ChIPpeakAnno udostępnia w tym celu funkcję findOverlapsOfPeaks(). Umożliwia ona scalanie zestawów szczytów reprezentowanych jako GenomicRanges z maksymalnie pięciu próbek.

Zanim jednak skorzystasz z tej funkcji, musisz wyodrębnić informacje o wywołaniach szczytów z obiektu ChIPQCexperiment, który utworzyłeś wcześniej. Lokalizacje szczytów możesz pobrać za pomocą funkcji peaks(). Pamiętaj, że zwróci ona wywołania szczytów dla wszystkich próbek – w tym tych, które nie przeszły kontroli jakości. Wektor zawierający indeksy próbek wybranych do dalszej analizy na etapie kontroli jakości jest dostępny jako qc_pass.

Instrukcje

100 XP
  • Wyodrębnij szczyty z obiektu ChIPQCexperiment.
  • Odrzuć wszystkie próbki, które nie przeszły kontroli jakości.
  • Znajdź nakładania się między zestawami szczytów za pomocą funkcji findOverlapsOfPeaks().
  • Zbadaj scalony zestaw szczytów dostępny pod kluczem mergedPeaks.