Adnotowanie pików
W poprzednich ćwiczeniach utworzyłeś tabelę ze scalonymi wywołaniami pików ze wszystkich próbek (dostępną tu jako peaks_merged) oraz tabelę z adnotacjami genów (dostępną jako human_genes). Teraz połącz informacje z obu tabel za pomocą funkcji annoPeaks() z pakietu ChIPpeakAnno. Dla każdego piku znajdującego się wystarczająco blisko miejsca startu genu (określonego przez argument bindingRegion) funkcja zwróci szczegółowe informacje o danym genie w postaci ramki danych. Zawiera ona m.in. kolumnę insideFeature, która wskazuje, gdzie dany pik jest położony względem genu.
To ćwiczenie jest częścią kursu
ChIP-seq z Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Dodaj adnotacje do pików, wskazując najbliższy gen.
- Określ liczbę pików, które otrzymały adnotacje genów.
- Utwórz tabelę zbiorczą pokazującą, gdzie piki były położone względem genów.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Annotate peaks with closest gene
peak_anno <- ___(peaks_merged, human_genes, bindingType="startSite", bindingRegion=c(-5000,5000))
# How many peaks were found close to genes?
length(___)
# Where are peaks located relative to genes?
table(peak_anno$___)