1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. ChIP-seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Adnotowanie pików

W poprzednich ćwiczeniach utworzyłeś tabelę ze scalonymi wywołaniami pików ze wszystkich próbek (dostępną tu jako peaks_merged) oraz tabelę z adnotacjami genów (dostępną jako human_genes). Teraz połącz informacje z obu tabel za pomocą funkcji annoPeaks() z pakietu ChIPpeakAnno. Dla każdego piku znajdującego się wystarczająco blisko miejsca startu genu (określonego przez argument bindingRegion) funkcja zwróci szczegółowe informacje o danym genie w postaci ramki danych. Zawiera ona m.in. kolumnę insideFeature, która wskazuje, gdzie dany pik jest położony względem genu.

Instrukcje

100 XP
  • Dodaj adnotacje do pików, wskazując najbliższy gen.
  • Określ liczbę pików, które otrzymały adnotacje genów.
  • Utwórz tabelę zbiorczą pokazującą, gdzie piki były położone względem genów.