1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. ChIP-seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Szczegółowe wizualizowanie regionu

Czas na samodzielne wykreślenie regionu genomowego za pomocą Gviz. Wszystkie dane w tym ćwiczeniu pochodzą z chromosomu 20 jednej próbki. Ideogram chromosomu 20 został już dla ciebie przygotowany i jest dostępny jako ideogram. Zmapowane odczyty zostały wcześniej przekształcone do postaci danych pokrycia. Informacje te są dostępne jako obiekt GRanges o nazwie cover_ranges. Wywołania szczytów w wizualizowanym regionie są przechowywane w obiekcie peak_calls.

Wczytanie wszystkich wymaganych danych i pakietów R może chwilę potrwać. Prosimy o cierpliwość.

Instrukcje

100 XP
  • Utwórz ścieżki adnotacji dla wywołań szczytów.
  • Utwórz ścieżkę danych dla pokrycia odczytów.
  • Wyświetl wykres, przedstawiając od góry do dołu: ideogram, ścieżkę pokrycia, ścieżkę wywołań szczytów oraz oś pokazującą pozycję genomową.