Szczegółowe wizualizowanie regionu
Czas na samodzielne wykreślenie regionu genomowego za pomocą Gviz. Wszystkie dane w tym ćwiczeniu pochodzą z chromosomu 20 jednej próbki. Ideogram chromosomu 20 został już dla ciebie przygotowany i jest dostępny jako ideogram. Zmapowane odczyty zostały wcześniej przekształcone do postaci danych pokrycia. Informacje te są dostępne jako obiekt GRanges o nazwie cover_ranges. Wywołania szczytów w wizualizowanym regionie są przechowywane w obiekcie peak_calls.
Wczytanie wszystkich wymaganych danych i pakietów R może chwilę potrwać. Prosimy o cierpliwość.
To ćwiczenie jest częścią kursu
ChIP-seq z Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Utwórz ścieżki adnotacji dla wywołań szczytów.
- Utwórz ścieżkę danych dla pokrycia odczytów.
- Wyświetl wykres, przedstawiając od góry do dołu: ideogram, ścieżkę pokrycia, ścieżkę wywołań szczytów oraz oś pokazującą pozycję genomową.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Create annotation track
peak_track <- AnnotationTrack(___, name="Peaks")
# Create data track
cover_track <- ___(cover_ranges, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Produce plot
___(list(ideogram, ___, ___, GenomeAxisTrack()), chromosome="chr20", from=start_pos, to=end_pos)