Szukanie wspólnych motywów
Pakiet chipenrich udostępnia funkcję chipenrich(), która identyfikuje grupy genów częściej powiązanych ze szczytami ChIP-seq, niż można by oczekiwać przypadkowo. Kluczowe jest przy tym odpowiednie pogrupowanie genów. W tym ćwiczeniu przyjrzysz się zestawom genów Hallmark zdefiniowanym przez Broad Institute.
Zazwyczaj analizę ogranicza się do szczytów wykazujących różnicowe wiązanie, co pozwala uwypuklić procesy molekularne odróżniające dwie grupy próbek. Ze względu na małą liczebność próby w tym zbiorze danych, skupisz się wyłącznie na szczytach o silniejszym sygnale w próbkach guza opornego na leczenie.
To ćwiczenie jest częścią kursu
ChIP-seq z Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Wybierz wszystkie szczyty o wyższej intensywności w próbkach guza opornego na leczenie niż w próbkach pierwotnego guza.
- Uruchom analizę wzbogacenia.
- Wyświetl wyniki analizy.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Select all peaks with higher intensity in treatment resistant samples
turp_peaks <- peaks_binding[, "GSM1598218"] + peaks_binding[, "GSM1598219"] < ___[, "GSM1598223"] + ___[, "GSM1598225"]
# Run enrichment analysis
enrich_turp <- ___(peaks_comb[turp_peaks, ], genome="hg19",
genesets = "hallmark", out_name = NULL,
locusdef = "nearest_tss", qc_plots=FALSE)
# Print the results of the analysis
___(enrich_turp$results)