1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. ChIP-seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Szukanie wspólnych motywów

Pakiet chipenrich udostępnia funkcję chipenrich(), która identyfikuje grupy genów częściej powiązanych ze szczytami ChIP-seq, niż można by oczekiwać przypadkowo. Kluczowe jest przy tym odpowiednie pogrupowanie genów. W tym ćwiczeniu przyjrzysz się zestawom genów Hallmark zdefiniowanym przez Broad Institute.

Zazwyczaj analizę ogranicza się do szczytów wykazujących różnicowe wiązanie, co pozwala uwypuklić procesy molekularne odróżniające dwie grupy próbek. Ze względu na małą liczebność próby w tym zbiorze danych, skupisz się wyłącznie na szczytach o silniejszym sygnale w próbkach guza opornego na leczenie.

Instrukcje

100 XP
  • Wybierz wszystkie szczyty o wyższej intensywności w próbkach guza opornego na leczenie niż w próbkach pierwotnego guza.
  • Uruchom analizę wzbogacenia.
  • Wyświetl wyniki analizy.