1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. ChIP-seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

PCA i mapa ciepła – nowe spojrzenie

Po zidentyfikowaniu głównych różnic między próbkami możesz stworzyć kolejny zestaw wykresów do ich porównania. Są one bardzo podobne do tych, które analizowałeś wcześniej, ale tym razem korzystasz wyłącznie z różnicowo wiążących szczytów. Ogranicza to ilość szumu na wykresie i pomaga wyraźniej uwydatnić różnice. Funkcje do tworzenia wykresów w pakiecie DiffBind przyjmują argument contrast, który pozwala określić, które porównanie powinno być użyte do wyboru szczytów. W tym ćwiczeniu zestawisz oryginalne wykresy z ich oczyszczonymi odpowiednikami.

Instrukcje 1/4

undefined XP
    1
    2
    3
    4
  • Utwórz wykres PCA, używając wszystkich szczytów.