Obliczanie pokrycia
Czas rozszerzyć odczyty do średniej długości fragmentu, aby uzyskać dokładniejsze oszacowanie pokrycia. Rozszerzenie odczytów pozwala połączyć odczyty z obu końców fragmentu w jeden szczyt pokrycia, co ułatwia odróżnienie szczytów od szumu tła.
Plik BAM dla próbki GSM1598218, którego użyjesz w tym ćwiczeniu, został już wczytany. Średnia długość fragmentu dla tej próbki wynosi 183 pz. Odczyty są dostępne jako obiekt GRanges o nazwie reads_gr.
Wczytanie wszystkich wymaganych danych i pakietów R może chwilę potrwać. Prosimy o cierpliwość.
To ćwiczenie jest częścią kursu
ChIP-seq z Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Rozszerz odczyty do średniej długości fragmentu.
- Oblicz pokrycie fragmentów.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Extend reads to the average fragment length of 183 bp
reads_ext <- ___(reads_gr, width=___)
# Compute coverage
cover <- ___(___)