1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. ChIP-seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Obliczanie pokrycia

Czas rozszerzyć odczyty do średniej długości fragmentu, aby uzyskać dokładniejsze oszacowanie pokrycia. Rozszerzenie odczytów pozwala połączyć odczyty z obu końców fragmentu w jeden szczyt pokrycia, co ułatwia odróżnienie szczytów od szumu tła. Plik BAM dla próbki GSM1598218, którego użyjesz w tym ćwiczeniu, został już wczytany. Średnia długość fragmentu dla tej próbki wynosi 183 pz. Odczyty są dostępne jako obiekt GRanges o nazwie reads_gr.

Wczytanie wszystkich wymaganych danych i pakietów R może chwilę potrwać. Prosimy o cierpliwość.

Instrukcje

100 XP
  • Rozszerz odczyty do średniej długości fragmentu.
  • Oblicz pokrycie fragmentów.