1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. ChIP-seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Wykres MA

Wykres MA wizualizuje różnice między dwiema grupami względem średniej intensywności sygnału. Pozwala to ocenić potencjalne odchylenia w danych. Zazwyczaj większość intensywności pików nie powinna się zmieniać między warunkami – oznacza to, że punkty na wykresie powinny skupiać się wokół poziomej linii na poziomie 0, odpowiadającej brakowi zmian. Wykresy MA są również przydatne do szybkiego, wizualnego oszacowania, jak duże są różnice między grupami.

Podobnie jak wcześniej używane funkcje wykresowe, DiffBind udostępnia funkcję dba.plotMA(), która tworzy wykresy MA i pobiera wszystkie niezbędne informacje z obiektu DBA.

Instrukcje

100 XP
  • Użyj funkcji dba.plotMA(), aby utworzyć wykres MA.
  • Przyjrzyj się wykresowi. Zwróć uwagę na to, jak istotne różnice są wyróżnione.